Уже который день, а точнее с пятницы работаю доктором iБолитом. Лечу сайты от напасти ява-скрипт троянов: JS:Redirector и JS/Agent.NEK.
В принципе, варианта два: первый – не пользоваться Windows и темболее Internet Explorer; вариант второй, и пока единственный работающий, проверить все ява-скрипты на сайте, найти там последнюю строчку похожую с текстом как на скриншоте ниже
удалить эту стоку и залить файл снова на сервер. Если у вас CMS и есть копии незараженных файлов, то это проще, просто перезаписываете их. Вуаля, все работает и Яндекс не жалуется.
И, да, проверьте свой комп после этого, смените все пароли на ФТП и тому подобные сервисы. Да и, смените пароли везде, не помешает.
Удачи!
P. S.: Кстати, Symantec не видит эту гадость, а вот Avast, Kaspersky, NOD и Sophos хорошо распознают, но сразу удаляют (либо в картнтин). И Chrome видит и предупреждает, так же как и Firefox.